Peygamberimizin (s.a.s.) çeşitli vesilelerle kunut yaptığı sahih hadislerle sabit olduğu için (Buhârî, “Vitir”, 7; Müslim, “Mesâcid”, 294-308) kunutun meşruluğu konusunda görüş birliği içinde bulunan mezhepler kunutun hükmü ve hangi namazlarda, namazın neresinde dua edileceği gibi hususlarda ihtilâf etmiştir. Ebû Hanîfe kunutun vâcip olduğunu söylerken aralarında iki öğrencisi Ebû Yûsuf ile Muhammed’in de bulunduğu çoğunluk sünnet olduğu görüşündedir. Hanefîler’e ve Hanbelîler’e göre kunutun yeri vitir namazının son rek‘atı, Şâfiîler’e göre sabah namazının farzının son rek‘atı ile ramazan ayının ikinci yarısındaki vitir namazlarının son rek‘atı, Mâlikîler’e göre ise sadece sabah namazının farzının son rek‘atıdır. Ayrıca Hanefîler’e göre kunut rükûdan önce yapılırken Şâfiîler’e ve Hanbelîler’e göre rükûdan sonra yapılır. Mâlikîler’e göre ise rükûdan önce yapılması daha faziletli olmakla birlikte sonra yapılmasında da bir sakınca yoktur.

Hanefî ve Mâlikîler’e göre yalnız başına kılınan namazlarda gizli olarak okunan kunut duası cemaatle kılınan namazlarda hem imam hem de cemaat tarafından yine gizli olarak okunur. Şâfiîler ve Hanbelîler’de ise cemaatle kılınan namazlarda imam kunutu açık olarak okur, cemaat de açıktan âmin der; herhangi bir sebeple imamın sesini duyamayanlar gizlice kunutta bulunurlar. Diğer taraftan Şâfiîler ve Hanbelîler kunutta ellerin göğüs hizasına kadar kaldırılmasını da sünnet saymışlardır. Ayrıca Hanbelîler kunuttan sonra ellerini yüzlerine sürerler.

Kıtlık, salgın hastalık, düşman saldırısı gibi umumi felâket zamanlarında da kunut duası okunması fakihlerin çoğuna göre meşrûdur. Hatta bazı fakihler kunutun sadece böyle zamanlara mahsus olduğunu söylemekte, İbn Kayyim el-Cevziyye (Zâdü’l-meʿâd, I, 273) ve Şevkânî de (Neylü’l-evṭâr, II, 384-391) bu görüşü tercih etmektedir ve bu kunuta kunutu nazile denilmektedir. Bu gibi durumlarda kunutun hangi namazlarda ve nerede okunacağı da tartışılmış, Hanefî ve Hanbelîler sabah namazının farzının ikinci rek‘atında, Şâfiîler ise bütün farz namazların son rek‘atında rükûdan sonra yapılacağına hükmetmişlerdir.