İslâm dini insanı yüceltmiş, saygıya lâyık görmüş, onu birçok hak ve sorumluluk ile donatmıştır. Buna göre insanların gerek hayatta ve gerekse vefatlarından sonra dokunulmazlıkları vardır. Bu dokunulmazlık, kişinin maddî ve manevî bütün varlığını içine almakta, bu meyanda beden ve cesed de dokunulmazlık hakkına sahip bulunmaktadır. İslâm inancına göre insanların ruh ve bedenleri kendilerine ait olmayıp birer ilâhi emanettir. Bu sebeple kişi kendi ruh ve bedeni üzerinde istediği gibi tasarruf yetkisine sahip değildir, onları emanet eden Allah’ın dilediği gibi tasarruf etmek ve kullanmakla yükümlüdür, yine aynı sebeple intihar ve her türlü işkence yasaklanmış, haram kılınmıştır.  İslam’da ilke olarak ölü veya diri kimselerden alınan parça ve organlardan faydalanılması, insanın saygınlık ve kerametine aykırı olduğu için caiz görülmemiştir. (Kasani, Bedai‘, V, 125; İbn Kudame, el-Muğni, I, 107; İbn Nüceym, el-Bahr, VI, 88) İslâma göre vücut üzerinde yapılacak bir ameliye fayda yerine zarar getirecekse, bu biliniyorsa hiçbir kimsenin bunu yapmaya hakkı yoktur; kişinin böyle bir operasyona izin vermiş ve razı olmuş bulunması sonucu etkilemez.

Ancak zaruret durumunda ve zaruretin miktarınca bu hüküm değişebilmektedir. (Mecelle, md. 21-22) İslam alimleri, karnında canlı halde bulunan çocuğun kurtarılması için ölü annenin karnının yarılmasına, hastalıkların teşhis ve tedavisi amacıyla yakınlarının rızası alınmak suretiyle ölüler üzerinde araştırma yapılmasına cevaz vermişlerdir. (Şafii, el-Ümm, VI, 165; İbn Kudame, el-Muğni, VIII, 356; Nevevi, el-Mecmu’, III, 138; el-Fetava’l-Hindiyye, V, 360) Aynı şekilde ölüm sebebinin ve faillerinin ortaya çıkarılması gibi elzem ve zaruri amaçlarla gereği kadarıyla sınırlı olmak şartıyla ve organ hırsızlığı yapılmadan tüm organların iade edilmesi kaydıyla yetkili makamların otopsi yapmasında sakınca olmaz denilebilir. Ayrıca ceset üzerindeki çalışmalar esnasında ya da çalışmalar bittikten sonra insana olan saygının devamına özen gösterilmeli ve cenazenin yıkanması, kefenlenmesi, namazının kılınması ve defnedilmesi gibi dini görevler de yerine getirilmelidir.

Netice olarak; Kur’an’da ilme, araştırmaya, insanlara faydalı işler yapmaya teşvik edilmesi, adaletin tesisinin talep edilmesi, zaruret durumunda mahzurlu durumların mubah hale geleceğine işaret edilmesi, Peygamber Efendimizden (s.a.s.) rivayet edilen hadislerin özellikle cahiliyye döneminde sıklıkla yapılan ölüye işkenceyi nehyetme maksadı taşıması, klasik İslam âlimlerinin zaruret durumunda ölüye cerrahi müdahele yapılabileceği yönündeki görüşleri, “zarûretler mahzurâtları mubah kılar”, “Zarar-ı ammı def için zarar-ı has ihtiyar olunur.”, “Zarar-ı eşed, zarar-ı ahaf ile izale olunur.”, “Ehven-i şerreyn ihtiyar olunur.” ve “İki fesat teâruz ettikde ehaffi irtikâb ile a’zamının çaresine bakılır.” kaideleri dikkate alınarak konu değerlendirildiğinde, otopsinin zaruret durumunda ve zaruret ölçüleriyle sınırlı olması kaydıyla caiz olduğu ifade edilebilir.